Jan Sas Zubrzycki prowadził ożywioną działalność badawczą, teoretyczną i publicystyczną. Pozostawił bardzo bogatą literaturę naukową z zakresu teorii i historii architektury, m. in. Rozwój gotycyzmu w Polsce pod względem konstrukcyjnym i estetycznym, Krakowska szkoła architektoniczna XIV wieku, Styl nadwiślański jako odcień sztuki średniowiecznej w Polsce, Filozofia architektury, Styl zygmuntowski jako odcień sztuki odrodzenia w Polsce, Polskie budownictwo drewniane, Sklepienia polskie
w dobie średniowiecza i odrodzenia, Cieślictwo polskie, Skarb architektury w Polsce.

W swoich pracach naukowych skupiał się na wydobywaniu z przeszłości form rdzennie polskich i podkreślał samodzielność i oryginalność polskiej architektury dawnych wieków, romanizmu, gotyku i renesansu. W latach dwudziestych i trzydziestych XX wieku prace Jana Sasa Zubrzyckiego nie mają już charakteru czysto naukowego a przeważają w nich elementy publicystyczne oraz różne rozważania teoretyczne.
Z wielu publikacji Jana Sasa Zubrzyckiego wyłania się wyidealizowany obraz kultury i obyczajów Polaków. Jest to efekt żarliwego patriotyzmu autora, jego przywiązania do kościoła katolickiego, miłości do narodu, jego tradycji i kultury.